Les taxonomistes et les écologistes sont souvent confrontés à des problèmes d’identification d’espèces pour diverses raisons : caractères morphologiques complexes, clés d’identification imprécises, diminution du nombre d’experts en taxonomie, diversité cryptique (non basé sur des caractères morphologiques),… Depuis quelques années, le barcoding moléculaire révolutionne l’approche taxonomique et l’identification d’espèces. Cette stratégie, basée sur la reconnaissance d’un fragment cible de l’ADN spécifique d’une espèce donnée, permet d’identifier les espèces présentes dans un environnement donné alors même que les individus n’y sont pas facilement accessibles. Cela concerne les micro-organismes (bactéries, champignons,…) mais également les macro-organismes animaux et végétaux qui laissent, par leurs excréments, mucus, etc., des traces de leur ADN dans l’environnement.
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